W XVI wieku Lublin zyskał renesansową szatę architektoniczną, nowocześniejszą i piękniejszą. W jego przebudowie wzięli udział znakomici muratorzy, sztukatorzy i rzeźbiarze, przeważnie włoskiego pochodzenia: Bartłomiej Berecci, Jakub Balin, Rudolf Negroni, Piotr Trawersi, Jan Cangerle, Jan Baptysta Falconi, mistrzowie z warsztatów Santiego Gucciego. Oni to nadali starym budynkom miasta i jego wnętrzom nową oprawę, stosując oryginalny, lokalny styl zwany renesansem lubelskim.
Pierwszym stylem, jaki pojawia się w lubelskiej architekturze jest romanizm. Jedynym przykładem architektury romańskiej w Lublinie, a jednocześnie jedynym przykładem budowli romańskiej po tej stronie Wisły jest donżon znajdujący się na Zamku Lubelskim. Podwójne okno znajdujące się po południowej stronie budowli jest znakomitym przykładem tego stylu. W architekturze Lublina odnajdujemy wszystkie style architektoniczne obowiązujące w architekturze polskiej: gotyk, renesans, barok, historyzm, neostyle, secesję, modernizm. Najbardziej charakterystycznym dla obszaru Lublina i Lubelszczyzny jest styl renesansu lubelskiego, którego kilka przykładów znajduje się w mieście.
Jakub Balin (zm. 1623) – murator, architekt renesansu lubelskiego. Najważniejszą realizacją architektoniczną Jakuba Balina jest przebudowa fary pw. śś. Jana Chrzciciela i Bartłomieja Apostoła w Kazimierzu Dolnym. W Lublinie był autorem przebudowy kościoła oo. bernardynów pw. Nawrócenia św. Pawła, kościoła pw. Matki Boskiej Szkaplerznej należącego do zakonu karmelitów bosych (dzisiejszy ratusz) oraz dworu Rafała Leszczyńskiego przy kościele karmelitów bosych.
Historia kościoła i klasztoru dominikanów wiąże się z przechowywaną tam przez wieki relikwią Drzewa Krzyża Świętego. Zdaniem Jana Długosza relikwia została przywieziona do Lublina w 1333 roku, według innej wersji po 1400 roku. Dla jej przechowywania budowano przy kościele kolejne kaplice.
Kościół św. Wojciecha wraz zespołem poklasztornym położony jest przy ulicy Podwale. Założenie o smukłej, zwartej i dosyć surowej konstrukcji, umiejscowione w rozległej nizinie między wzgórzami, tworzy statyczną i okazałą budowlę.
Kościół pw. św. Agnieszki został wzniesiony dla augustianów, sprowadzonych do Lublina z Krasnegostawu. Obiekty zespołu klasztornego zlokalizowano na Kalinowszczyźnie. Kościół był wznoszony w dwóch etapach: od 1646 roku budowano prezbiterium, zaś w latach 1685–1698 barokowy korpus nawowy.
Kościół i klasztor dominikanów w Lublinie został wzniesiony we wschodniej części wzgórza staromiejskiego, na niewielkim wzniesieniu, tzw. górce dominikańskiej. Historia klasztoru wiąże się z relikwią Drzewa Krzyża Świętego, znajdującą się w nim do 1991 roku.
Koniec XVI wieku to dla lublinian okres zmagania się z przeciwnościami losu. W 1572 roku miasto cierpiało z powodu zarazy morowej, czyli epidemii dżumy. Kolejne epidemie nawiedzały miasto jeszcze wielokrotnie. W maju 1575 roku w Lublinie wybuchł pożar, który zniszczył prawie całe miasto. Spłonęły wówczas: Brama Krakowska, Brama Grodzka, ratusz, kościół św. Michała, kościół dominikanów, Rynek. Jednak Lublin potrafił szybko podnieść się po klęskach. Na początku XVII wieku miasto nad Bystrzycą liczyło już 12 tysięcy mieszkańców, a jego opis i widok w wydanym w Kolonii w 1618 roku dziele Brauna i Hogenberga pt. Theatrum praecipuarum totius mundi urbium znalazł się na równi z opisami i widokami najstarszych i największych miast europejskich. Miasto posiadało już wówczas swój hejnał, a cud relikwii Drzewa Krzyża Świętego w kościele oo. dominikanów (1649) uczynił z Lublina miejsce kultu religijnego.